Le COMETA est une association composée de spécialistes des sciences physiques, des sciences de la vie, des sciences humaines, ainsi que d'ingénieurs et d'officiers supérieurs de l'armée.
En juillet 1999, le COMETA a publié un rapport très complet sur le phénomène , qui fut transmis au Président de la République ainsi qu'au Premier ministre. Selon le rapport "COMETA", l'hypothèse d'une origine extraterrestre du phénomène ne peut plus être écartée.
Le GEIPAN ne s'interdit aucune hypothèse. Il s'attache uniquement à la collecte des faits en laissant la communauté scientifique les utiliser à des fins de recherche. Aucune preuve formelle et/ou scientifique de l'existence ou de la non existence d'entités extraterrestres n'a été apportée à ce jour. Le GEIPAN ne peut donc que constater l'impossibilité actuelle de trouver une explication aux cas les plus étranges qui lui sont soumis.
La position officielle du Comité de pilotage du GEIPAN sur ce point est très claire : l'hypothèse selon laquelle un certain nombre d'observations de catégories "D" pourraient être liées à des manifestations de civilisations lointaines très en avance sur la nôtre ne peut être écartée, mais il ne peut s'agir en l'état actuel de nos connaissances que d'une hypothèse non démontrée.
L'immensité de notre univers est constituée de milliards de galaxies, elles-même constituées de milliards d'étoiles. Dans ce foisonnement de matière, que les engins spatiaux scrutent avec une précision croissante, il serait étonnant qu'il n'existe aucun système de type solaire avec des conditions dites habitables. Si l'on peut espérer avoir d'ici à quelques années la preuve de l'existence de chimie organique sur une planète extraterrestre, il restera un immense pas à franchir avant d'avoir des preuves de vie, puis de vie intelligente. Même sur Terre, l'apparition de la vie (notion de reproduction) puis de la pensée (notion d'intelligence) restent des énigmes pour les scientifiques. Le CNES participe à certains programmes d’astrobiologie (son satellite COROT a notamment découvert la première « super-Terre » autour d’une autre étoile que le Soleil), mais il y a une séparation nette entre ces travaux et la mission du GEIPAN.